根據海關系統管理體制，馬鞍山海關為正處級隸屬海關，由合肥海關領導。馬鞍山海關在編職工22人（其中交流出1人，交流進1人）實有21人，男職工15人，女職工6人,黨員15人，大專以上學歷占90%。

內設一室兩科：辦公室、業務一科、業務二科。業務轄區為馬鞍山市和當涂縣，監管場所包括外貿碼頭和海關查驗場。馬鞍山海關認真貫徹落實“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”海關工作方針和“政治堅強，業務過硬，值得信賴”12字隊伍建設要求，認真履行海關職責，依法治稅，強化監管，從嚴治關，各項工作穩步發展。未來的歲月里，馬鞍山海關將在上級海關的領導下，地方政府的支持配合下，牢固樹立科學發展觀和正確的政績觀，本著“公正執法，和諧共贏”的理念，按照“為國把關、服務崛起”的要求，進一步抓好保持共產黨員先進性教育整改工作，鞏固先進性教育的成果，深化改革，求實創新，開拓進取，努力構建和諧海關。